制限酵素

1. 特定の塩基配列を認識（結合）し、二本鎖DNA（の両鎖）を切断する酵素。

2. 制限酵素で切断される塩基配列は、通常パリンドローム構造をとっている。

3. 切断されたDNAの末端は、突出末端もしくは平滑末端の構造をとる。

荒っぽく言って、完全にランダムな塩基配列上で特定の6塩基配列は、４^６＝４０９６ｂｐに一回程度現れることになる。つまり、6塩基認識の制限酵素で切断すると4000bp程度の大きさのDNAになっても不思議はないことになる。（ただし、実際はDNAの塩基配列に偏りがある。）

DNAリガーゼについて

l ひとつのDNAを制限酵素で切断し、それをDNAリガーゼで再結合できる。

l 異なる二つのDNAを同じ突出末端をつくる制限酵素で切断し、それらをDNAリガーゼで再結合できる。

制限酵素は、種々のバクテリアにより生産されている。

制限酵素は、バクテリア内での特定のファージ（バクテリアに寄生するウイルス）やプラスミドの増殖を制限する因子であり、一種の自己防衛システム。

制限酵素は、通常、自己のDNAを切断しない。

自己のDNAに含まれる制限酵素切断配列は、メチル化して、切断できなくしてある。