超巨大なDNA（染色体のDNAなど）をどうやって調べるか。

l 染色体DNAを取ってくる。

l 制限酵素（もしくは機械的な方法）で部分的に切断する：大きめに切断された大きなDNA断片（40kbp程度）が得られる。

l ファージベクターやコスミドベクターに取り込ませて組換えファージを作成し、ゲノムライブラリーを作成する。

l それぞれのライブラリーは、お互いに重なっている部分を持つことがある。

l それぞれの重なりをDNAハイブリダイゼーション法などで調べると、染色体全体の大まかな地図を作ることが出来る。

l もしくは、一つ一つのファージに乗ったDNAを更に断片化し塩基配列を決定して、繋がる部分を塩基配列を比較して見つける。大量のDNA配列データを比較することになるので、非常に膨大なデータ計算時間を処理できるコンピュータを必要とする。