プラスミドは、

1. （大腸菌など）宿主内で自立増殖可能な二本鎖環状DNA。

2. 選択マーカーとしての抗生物質耐性遺伝子をもつものが多い：プラスミドの入った大腸菌を選別する。

3. クローニングのための複数の制限酵素認識部位を持つものが多い：いろいろなDNA断片を容易に挿入できる。

4. 大腸菌内で多コピー存在するものが多い：多量のプラスミドを調製できたり、挿入したDNAからタンパク質を多量に発現できる。

形質転換によりプラスミドDNAを大腸菌へ導入することが出来る。これにより、プラスミドDNAを増幅・単離する。

プラスミドの調製法

アルカリ法

1. SDS+NaOHで菌を溶解

2. 酢酸カリウムで中和し、ゲノムDNA（大きすぎて弱酸性条件で溶解できない）を沈殿除去

3. フェノール・クロロホルムでタンパク質等を除去

4. 水層に残るプラスミドDNAを70%エタノールで沈殿回収

煮沸法

1. リゾチーム＋トリトンX100で菌を溶解

2. 40-60sec煮沸する。

3. ゲノムDNAは、変性不溶化するので、遠心して、プラスミドDNAを上静に回収。

4. 70%エタノールで沈殿させプラスミドDNAを得る。

超遠心法

プラスミドDNAの比重の差により、ゲノムDNAや開環状DNAから分離する。

プラスミドDNAの検定

1. 制限酵素によるDNA切断

2. アガロースゲル電気泳動により、DNAの大きさと量を確認

DNA断片の挿入

1. プラスミドDNAを適当な制限酵素で切断する。

2. 挿入するDNA断片を適当な制限酵素で切断する。

3. アガロースゲル電気泳動し、プラスミドDNAと挿入する目的のDNAを切り出す。

4. アガロースを溶解して、DNAを抽出する。

5. DNAリガーゼで両DNAを結合させる。

6. コンピテントセルに形質転換し、組換えプラスミドを選択する。