本日、Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトの再解析論文がInternational Journal of Molecular Sciences誌（IF:5.6）に掲載されました。
Uesawa, Y. Progress in Predicting Ames Test Outcomes from Chemical Structures: An In-Depth Re-Evaluation of Models from the 1st and 2nd Ames/QSAR International Challenge Projects. Int. J. Mol. Sci. 2024, 25, 1373. https://doi.org/10.3390/ijms25031373
化学構造からのAmes試験結果の予測における進歩： 第1回および第2回Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトのモデルの詳細な再評価
投稿してからの時間経過を追うと、
Submission received: 3 January 2024
Revised: 19 January 2024
Accepted: 21 January 2024
Published: 23 January 2024
正月3日に投稿して23日に掲載です。
もとの原稿の完成度が高かったとは言え、やはり最近の雑誌社の企業努力はすごいです。
さて、論文の内容は今まで紹介してきた通りなのですが、せっかくですので概略をお示しします。
自分で概略を作るのは面倒なので、できあがったPDFをChatGPTに渡して日本語の概要を書いて貰いました。
生のChatGPTではPlusでもパッとしないので、GPTsのなかで評判の良いAi PDFを使用しました。
以下、ChatGPTの回答です。
この文書「International Journal of Molecular Sciences」の論文は、化学構造からのAmes試験結果の予測における進歩についての再評価を行っています。Ames/定量的構造-活性関係（QSAR）国際チャレンジプロジェクトは、2014年から2017年および2020年から2022年に開催され、様々な予測モデルのパフォーマンスを評価しました。この再分析では、全ての予測対象化合物について100%のカバレッジ率（COV）を想定し、COVの変更によるパフォーマンスの推定変動を考慮して、最もパフォーマンスの高い予測モデルを特定しました。計109のモデルを使用し、100% COVで最も高い推定平衡精度（BA）（76.9）を持つモデルは、明治薬科大学（MPU）によって報告されたMMI-VOTE1でした。MCC、F1、PC1で最高のモデルはすべてMMI-STK1であり、これもMPUによって報告されました。MPUによって報告されたすべてのモデルはトップ4にランクインしました。
Ames試験は、サルモネラ・チフィムリウムなどの細菌株を利用した生物学的アッセイで、化学物質の変異原性を逆変異によって評価する広く使用されている方法です。この試験は、医薬品の不純物の初期評価のための新しい方法として最近注目されています。QSARモデルの精度は、変異原性化学物質を特定する能力においてますます重要になっています。
この論文では、COVの変動がBA、MCC、F1、PC1に与える影響についての相関分析を行っています。COVの分布が非常に歪んでいるため、ジョンソン正規化を適用して正常な定量的相関分析を可能にしました。100% COVを持たないモデルを除外し、正規量子プロットを評価すると、正規化されたCOVは正常な分布を示しました。この分析は、COVが低いほど予測パフォーマンスが向上することを示す有意な負の線形相関を明らかにしました。
全てのモデルを100% COVで再評価するために、この研究ではCOVの影響を中和し、モデルのパフォーマンスを推定しました。この結果、MMI-STK1はCOVレベルが90%、60%、30%でそれぞれ59.2、61.5、63.1のF1スコアを持つと推定されました。これらの発見は、現在のAmes予測技術の状態と可能性を強調しています。
最後に、本論文はAmes/QSARチャレンジプロジェクトで初めて、予測モデルのパフォーマンスがCOVの設定を調整することで改善されることを実証しました。COVを考慮に入れた場合の優れた予測パフォーマンスを持つモデルを強調し、Ames試験の結果を予測するための現在のQSAR技術レベルを示しています。適切な適用領域の設定を行うことで、モデルのパフォーマンスが向上する可能性があることを示唆しています。
以上。
一部の表現に難はありますが、内容は概ね正しいです。
（Ai PDFを使っても他の論文では嘘ついていましたので、まだまだハルシネーション（幻覚）には注意が必要なようです。）
