研究ブログ
化学構造による変異原性予測１4：カバー率100％における「真の予測性能」
2024年1月14日 研究ブログ
Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトで提出された予測モデルの傾向として、回答のために選択された化合物の種類が少ないほど性能が高い傾向にあることが分かりました。 テストセット化合物に対するカバー率の少ないモデルほど …
化学構造による変異原性予測１３：予測性能に与えるカバー率の影響
2024年1月13日 研究ブログ
Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトは、各回各フェーズで１６００～４０００種類程度の化合物に関するAmes試験の実測結果に対する予測精度を競う、というコンペでした。 しかし、提示されたブラインドテストセット化合物 …
化学構造による変異原性予測１２：統合的評価指標
2024年1月12日 研究ブログ
Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトで使用されている評価指標の中で、インバランスなデータであるAmes試験結果の予測値の評価に適切なのはバランス精度、MCC、F1スコアの3種類であることを以前の記事で解説しました …
化学構造による変異原性予測１１：評価指標の分布
2024年1月10日 研究ブログ
いよいよ第１回と第２回のAmes/QSAR国際チャレンジプロジェクトの集計結果を使ってデータ解析を始めます。 解析の目的は、前回の最後に述べたコレです。 『MultiCASE社のBM_PHARMAと明治薬科大学モデルの「 …
化学構造による変異原性予測１０：最良の予測モデル
2024年1月8日 研究ブログ
第１回と第２回のAmes/QSAR国際チャレンジプロジェクトをまとめると、総計109種類の予測結果が提出されていることがわかりました。 第１回のプロジェクトではPhase1,2,3の３回に渡ってコンペが実施されました。 …
化学構造による変異原性予測９：第１回＆第２回プロジェクトの集計
2024年1月6日 研究ブログ
第１回および第２回のAmes/QSAR国際チャレンジの参加チームと提出されたモデルを全て集計してみました。 データソースは第１回プロジェクト論文と第２回プロジェクト論文のサプリメントデータです。 （集計結果はここからダウ …
化学構造による変異原性予測８：評価指標（バランス精度、F1スコア、MCC）
2024年1月3日 研究ブログ
QSAR識別モデルに使用される評価指標には、先に述べた感度、特異度、陽性的中率、陰性的中率、正確度以外にも、これらの持つ欠点を克服するために考え出されたものがいくつかあります。 その中で、Ames/QSAR国際チャレンジ …
化学構造による変異原性予測７：評価指標（感度、特異度、陽性的中率、陰性的中率）
2024年1月2日 研究ブログ
QSAR解析による識別予測性能を評価する指標は正確度（Accuracy）以外にもたくさんあります。 ここでは、比較的シンプルな評価指標を紹介します。 まずは復習です。 陽性・陰性を識別するモデルの結果は真陽 …
化学構造による変異原性予測６：評価指標（正確度）
2023年12月31日 研究ブログ
Ames/QSAR国際チャレンジでは予測モデルの性能を多角的に評価しています。 今回は、この「評価指標」の導入部分について述べていきます。 このコンペでは、各チームが構築した識別モデルでAmes試験の陽性・ …
化学構造による変異原性予測５：コンペティションのルール
2023年12月31日 研究ブログ
今回はコンペのルールのお話です。 私たちは第２回Ames/QSAR国際チャレンジに参加したわけですが、そこでは次のようなルールで予測モデルの性能を競いました。 主催者は参加チームに次のファイルを提供しました …
