研究ブログ
化学構造による変異原性予測１7：論文がアクセプトされました！
2024年1月21日 研究ブログ
「化学構造による変異原性予測」のタイトルで記載してきた解析内容を盛り込んだ原著論文が、International Journal of Molecular Sciences誌にアクセプト（受理）されました！ …
化学構造による変異原性予測１６：in silico変異原性予測の到達点
2024年1月20日 研究ブログ
第１回＆第２回Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトに提出された109種類の予測結果を集計し、化合物のカバー率が100%だったときの予測性能を推定した結果、私たち明治薬科大学のグループが提出したMMI-STK1が最 …
化学構造による変異原性予測１５：上位の予測モデルの概要
2024年1月16日 研究ブログ
第1回および第2回Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトに提出された全109モデルを精査した結果、全テスト化合物を予測した（カバー率100%）と仮定したときの最良の予測モデルは、明治薬科大学のMMI-STK1である …
化学構造による変異原性予測１4：カバー率100％における「真の予測性能」
2024年1月14日 研究ブログ
Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトで提出された予測モデルの傾向として、回答のために選択された化合物の種類が少ないほど性能が高い傾向にあることが分かりました。 テストセット化合物に対するカバー率の少ないモデルほど …
化学構造による変異原性予測１３：予測性能に与えるカバー率の影響
2024年1月13日 研究ブログ
Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトは、各回各フェーズで１６００～４０００種類程度の化合物に関するAmes試験の実測結果に対する予測精度を競う、というコンペでした。 しかし、提示されたブラインドテストセット化合物 …
化学構造による変異原性予測１２：統合的評価指標
2024年1月12日 研究ブログ
Ames/QSAR国際チャレンジプロジェクトで使用されている評価指標の中で、インバランスなデータであるAmes試験結果の予測値の評価に適切なのはバランス精度、MCC、F1スコアの3種類であることを以前の記事で解説しました …
化学構造による変異原性予測１１：評価指標の分布
2024年1月10日 研究ブログ
いよいよ第１回と第２回のAmes/QSAR国際チャレンジプロジェクトの集計結果を使ってデータ解析を始めます。 解析の目的は、前回の最後に述べたコレです。 『MultiCASE社のBM_PHARMAと明治薬科大学モデルの「 …
化学構造による変異原性予測１０：最良の予測モデル
2024年1月8日 研究ブログ
第１回と第２回のAmes/QSAR国際チャレンジプロジェクトをまとめると、総計109種類の予測結果が提出されていることがわかりました。 第１回のプロジェクトではPhase1,2,3の３回に渡ってコンペが実施されました。 …
化学構造による変異原性予測９：第１回＆第２回プロジェクトの集計
2024年1月6日 研究ブログ
第１回および第２回のAmes/QSAR国際チャレンジの参加チームと提出されたモデルを全て集計してみました。 データソースは第１回プロジェクト論文と第２回プロジェクト論文のサプリメントデータです。 （集計結果はここからダウ …
化学構造による変異原性予測８：評価指標（バランス精度、F1スコア、MCC）
2024年1月3日 研究ブログ
QSAR識別モデルに使用される評価指標には、先に述べた感度、特異度、陽性的中率、陰性的中率、正確度以外にも、これらの持つ欠点を克服するために考え出されたものがいくつかあります。 その中で、Ames/QSAR国際チャレンジ …
